Feed switch 2015-09 Solbergstranda gut microbiota composition

Version 1

Gut microbiota analysis of the fish whose gross phenotypes are listed in https://fairdomhub.org/data_files/1244. Besides identification of the fish, the data are a 130 x 435 matrix showing amounts of operational taxonomic units (OTUs), one row per fish and one column per OTU (https://en.wikipedia.org/wiki/Operational_taxonomic_unit). Sequences that characterize each OTU are in https://fairdomhub.org/data_files/1317. Amounts are measured as the number out of 2000 sequences examined that contain a given OTU based on 16S rRNA, https://en.wikipedia.org/wiki/16S_ribosomal_RNA. (This description should be further clarified.) Snippets from email exchange 20160123 titled "Metadata for alle fisk" (in Norwegian, sorry): JOV:

1. Hva står tallene i regnearket for? F.eks. at "fisk 1 fra tank 4a på dag 0" har "55" etellerannet av OTU_7. Hva er etellerannet?
2. Hører det med noen karakteristikk av OTU_7, som ville gjøre datasettet sammenlignbart med andres metagenomikk-studier? F.eks. en liste over 16SrRNA eller "barcode DNA" som kjennetegner OTU_7? Er det noe standard dataformat for dette? Da ville jeg sette pris på en referanse til dét. Wikipedia-oppslaget om operational taxonomic unit refererer til doi:10.1098/rstb.2005.1725. Er den en OK referanse på definisjonen av en OTU? KR: OTU er operational taxonomic unit. I vårt tilfelle samling av 16S rRNA gen sekvenser med > 97 % utgjøre en OTU. Har lagt ved en fasta fil med representative sekvenser for hver OTU. Når det gjelder tabellen så har vi valgt å undersøke 2000 sekvenser per prøve. Tallet etellerannet repersenterer antallet sekvenser av en gitt OTU – for eksempel OTU_7 i den prøven. LS: Hvis det er meningen at disse dataene skal være dokumentert for all verden, så må det vel sies litt mer om hva en OTU er i dette tilfellet? Hva menes med >97%? Jeg antar det menes 97% «likhet», men hva betyr dette? Betyr det 97% identitet i et alignment? Hvor langt er da alignmentet? Angir 97% en slags avstand fra sentrum, eller fra enhver annen medlem i OTU’en? Dette er ikke hele 16S sekvenser, men fragmenter som er framkommet ved amplifisering basert på noen spesifikke primere, det bør vel da angis hvilke primere? Det er illumina-sekvensert, og read-par er vel knadd litt på, og satt sammen til en read, det bør vel da angis hvordan dette er gjort? OTUer er et resultat av clustering av sekvenser, hva slags clustering er brukt?