A.VCF-260713FOR-1

Overview
Related items

File_PrimaryData : Supplementary_Table_2.xlsx

Link_PrimaryData : https://fairdomhub.org/data_files/9807

Scientist : Mike Chao

Parent : D.SEQ-260305FOR-1; D.SEQ-260305FOR-2; D.SEQ-260305FOR-3; D.SEQ-260305FOR-4; D.SEQ-260305FOR-5; D.SEQ-260305FOR-6; D.SEQ-260305FOR-7; D.SEQ-260305FOR-8; D.SEQ-260305FOR-9; D.SEQ-260305FOR-10; D.SEQ-260305FOR-11; D.SEQ-260305FOR-12; D.SEQ-260305FOR-13; D.SEQ-260305FOR-14; D.SEQ-260305FOR-15; D.SEQ-260305FOR-16; D.SEQ-260305FOR-17; D.SEQ-260305FOR-18; D.SEQ-260305FOR-19; D.SEQ-260305FOR-20; D.SEQ-260305FOR-21; D.SEQ-260305FOR-22; D.SEQ-260305FOR-23; D.SEQ-260305FOR-24; D.SEQ-260305FOR-25; D.SEQ-260305FOR-26; D.SEQ-260305FOR-27; D.SEQ-260305FOR-28; D.SEQ-260305FOR-29; D.SEQ-260305FOR-30; D.SEQ-260305FOR-31; D.SEQ-260305FOR-32; D.SEQ-260305FOR-33; D.SEQ-260305FOR-34; D.SEQ-260305FOR-35; D.SEQ-260305FOR-36; D.SEQ-260305FOR-37; D.SEQ-260305FOR-38; D.SEQ-260305FOR-39; D.SEQ-260305FOR-40; D.SEQ-260305FOR-41; D.SEQ-260305FOR-42; D.SEQ-260305FOR-43; D.SEQ-260305FOR-44; D.SEQ-260305FOR-45; D.SEQ-260305FOR-46; D.SEQ-260305FOR-47; D.SEQ-260305FOR-48; D.SEQ-260305FOR-49; D.SEQ-260305FOR-50; D.SEQ-260305FOR-51; D.SEQ-260305FOR-52; D.SEQ-260305FOR-53; D.SEQ-260305FOR-54; D.SEQ-260305FOR-55; D.SEQ-260305FOR-56; D.SEQ-260305FOR-57; D.SEQ-260305FOR-58; D.SEQ-260305FOR-59; D.SEQ-260305FOR-60; D.SEQ-260305FOR-61; D.SEQ-260305FOR-62; D.SEQ-260305FOR-63; D.SEQ-260305FOR-64; D.SEQ-260305FOR-65; D.SEQ-260305FOR-66; D.SEQ-260305FOR-67; D.SEQ-260305FOR-68; D.SEQ-260305FOR-69; D.SEQ-260305FOR-70; D.SEQ-260305FOR-71; D.SEQ-260305FOR-72; D.SEQ-260305FOR-73; D.SEQ-260305FOR-74; D.SEQ-260305FOR-75; D.SEQ-260305FOR-76; D.SEQ-260305FOR-77; D.SEQ-260305FOR-78; D.SEQ-260305FOR-79; D.SEQ-260305FOR-80; D.SEQ-260305FOR-81; D.SEQ-260305FOR-82; D.SEQ-260305FOR-83; D.SEQ-260305FOR-84; D.SEQ-260305FOR-85; D.SEQ-260305FOR-86; D.SEQ-260305FOR-87; D.SEQ-260305FOR-88; D.SEQ-260305FOR-89; D.SEQ-260305FOR-90; D.SEQ-260305FOR-91; D.SEQ-260305FOR-92; D.SEQ-260305FOR-93; D.SEQ-260305FOR-94; D.SEQ-260305FOR-95; D.SEQ-260305FOR-96; D.SEQ-260305FOR-97; D.SEQ-260305FOR-98; D.SEQ-260305FOR-99; D.SEQ-260305FOR-100; D.SEQ-260305FOR-101; D.SEQ-260305FOR-102; D.SEQ-260305FOR-103; D.SEQ-260305FOR-104; D.SEQ-260305FOR-105; D.SEQ-260305FOR-106; D.SEQ-260305FOR-107; D.SEQ-260305FOR-108; D.SEQ-260305FOR-109; D.SEQ-260305FOR-110; D.SEQ-260305FOR-111; D.SEQ-260305FOR-112; D.SEQ-260305FOR-113; D.SEQ-260305FOR-114; D.SEQ-260305FOR-115; D.SEQ-260305FOR-116; D.SEQ-260305FOR-117; D.SEQ-260305FOR-118; D.SEQ-260305FOR-119; D.SEQ-260305FOR-120; D.SEQ-260305FOR-121; D.SEQ-260305FOR-122; D.SEQ-260305FOR-123; D.SEQ-260305FOR-124; D.SEQ-260305FOR-125; D.SEQ-260305FOR-126; D.SEQ-260305FOR-127; D.SEQ-260305FOR-128; D.SEQ-260305FOR-129; D.SEQ-260305FOR-130; D.SEQ-260305FOR-131; D.SEQ-260305FOR-132; D.SEQ-260305FOR-133; D.SEQ-260305FOR-134; D.SEQ-260305FOR-135; D.SEQ-260305FOR-136; D.SEQ-260305FOR-137; D.SEQ-260305FOR-138; D.SEQ-260305FOR-139; D.SEQ-260305FOR-140; D.SEQ-260305FOR-141; D.SEQ-260305FOR-142; D.SEQ-260305FOR-143; D.SEQ-260305FOR-144; D.SEQ-260305FOR-145; D.SEQ-260305FOR-146; D.SEQ-260305FOR-147; D.SEQ-260305FOR-148; D.SEQ-260305FOR-149; D.SEQ-260305FOR-150; D.SEQ-260305FOR-151; D.SEQ-260305FOR-152; D.SEQ-260305FOR-153; D.SEQ-260305FOR-154; D.SEQ-260305FOR-155; D.SEQ-260305FOR-156; D.SEQ-260305FOR-157; D.SEQ-260305FOR-158; D.SEQ-260305FOR-159; D.SEQ-260305FOR-160; D.SEQ-260305FOR-161; D.SEQ-260305FOR-162; D.SEQ-260305FOR-163; D.SEQ-260305FOR-164; D.SEQ-260305FOR-165; D.SEQ-260305FOR-166; D.SEQ-260305FOR-167; D.SEQ-260305FOR-168; D.SEQ-260305FOR-169; D.SEQ-260305FOR-170; D.SEQ-260305FOR-171; D.SEQ-260305FOR-172; D.SEQ-260305FOR-173; D.SEQ-260305FOR-174; D.SEQ-260305FOR-175; D.SEQ-260305FOR-176; D.SEQ-260305FOR-177; D.SEQ-260305FOR-178; D.SEQ-260305FOR-179; D.SEQ-260305FOR-180; D.SEQ-260305FOR-181; D.SEQ-260305FOR-182; D.SEQ-260305FOR-183; D.SEQ-260305FOR-184; D.SEQ-260305FOR-185; D.SEQ-260305FOR-186; D.SEQ-260305FOR-187; D.SEQ-260305FOR-188; D.SEQ-260305FOR-189; D.SEQ-260305FOR-190; D.SEQ-260305FOR-191; D.SEQ-260305FOR-192; D.SEQ-260305FOR-193; D.SEQ-260305FOR-194; D.SEQ-260305FOR-195; D.SEQ-260305FOR-196; D.SEQ-260305FOR-197; D.SEQ-260305FOR-198; D.SEQ-260305FOR-199; D.SEQ-260305FOR-200; D.SEQ-260305FOR-201; D.SEQ-260305FOR-202; D.SEQ-260305FOR-203; D.SEQ-260305FOR-204; D.SEQ-260305FOR-205; D.SEQ-260305FOR-206; D.SEQ-260305FOR-207; D.SEQ-260305FOR-208; D.SEQ-260305FOR-209; D.SEQ-260305FOR-210; D.SEQ-260305FOR-211; D.SEQ-260305FOR-212; D.SEQ-260305FOR-213; D.SEQ-260305FOR-214; D.SEQ-260305FOR-215; D.SEQ-260305FOR-216; D.SEQ-260305FOR-217; D.SEQ-260305FOR-218; D.SEQ-260305FOR-219; D.SEQ-260305FOR-220; D.SEQ-260305FOR-221; D.SEQ-260305FOR-222; D.SEQ-260305FOR-223; D.SEQ-260305FOR-224; D.SEQ-260305FOR-225; D.SEQ-260305FOR-226; D.SEQ-260305FOR-227; D.SEQ-260305FOR-228; D.SEQ-260305FOR-229; D.SEQ-260305FOR-230; D.SEQ-260305FOR-231; D.SEQ-260305FOR-232; D.SEQ-260305FOR-233; D.SEQ-260305FOR-234; D.SEQ-260305FOR-235; D.SEQ-260305FOR-236; D.SEQ-260305FOR-237; D.SEQ-260305FOR-238; D.SEQ-260305FOR-239; D.SEQ-260305FOR-240; D.SEQ-260305FOR-241; D.SEQ-260305FOR-242; D.SEQ-260305FOR-243; D.SEQ-260305FOR-244; D.SEQ-260305FOR-245; D.SEQ-260305FOR-246; D.SEQ-260305FOR-247; D.SEQ-260305FOR-248; D.SEQ-260305FOR-249; D.SEQ-260305FOR-250; D.SEQ-260305FOR-251; D.SEQ-260305FOR-252; D.SEQ-260305FOR-253; D.SEQ-260305FOR-254; D.SEQ-260305FOR-255; D.SEQ-260305FOR-256; D.SEQ-260305FOR-257; D.SEQ-260305FOR-258; D.SEQ-260305FOR-259; D.SEQ-260305FOR-260; D.SEQ-260305FOR-261; D.SEQ-260305FOR-262; D.SEQ-260305FOR-263; D.SEQ-260305FOR-264; D.SEQ-260305FOR-265; D.SEQ-260305FOR-266; D.SEQ-260305FOR-267; D.SEQ-260305FOR-268; D.SEQ-260305FOR-269; D.SEQ-260305FOR-270; D.SEQ-260305FOR-271; D.SEQ-260305FOR-272; D.SEQ-260305FOR-273; D.SEQ-260305FOR-274; D.SEQ-260305FOR-275; D.SEQ-260305FOR-276; D.SEQ-260305FOR-277; D.SEQ-260305FOR-278; D.SEQ-260305FOR-279; D.SEQ-260305FOR-280; D.SEQ-260305FOR-281; D.SEQ-260305FOR-282; D.SEQ-260305FOR-283; D.SEQ-260305FOR-284; D.SEQ-260305FOR-285; D.SEQ-260305FOR-286; D.SEQ-260305FOR-287; D.SEQ-260305FOR-288; D.SEQ-260305FOR-289; D.SEQ-260305FOR-290; D.SEQ-260305FOR-291; D.SEQ-260305FOR-292; D.SEQ-260305FOR-293; D.SEQ-260305FOR-294; D.SEQ-260305FOR-295; D.SEQ-260305FOR-296; D.SEQ-260305FOR-297; D.SEQ-260305FOR-298; D.SEQ-260305FOR-299; D.SEQ-260305FOR-300; D.SEQ-260305FOR-301; D.SEQ-260305FOR-302; D.SEQ-260305FOR-303; D.SEQ-260305FOR-304; D.SEQ-260305FOR-305; D.SEQ-260305FOR-306; D.SEQ-260305FOR-307; D.SEQ-260305FOR-308; D.SEQ-260305FOR-309; D.SEQ-260305FOR-310; D.SEQ-260305FOR-311; D.SEQ-260305FOR-312; D.SEQ-260305FOR-313; D.SEQ-260305FOR-314; D.SEQ-260305FOR-315; D.SEQ-260305FOR-316; D.SEQ-260305FOR-317; D.SEQ-260305FOR-318; D.SEQ-260305FOR-319; D.SEQ-260305FOR-320; D.SEQ-260305FOR-321; D.SEQ-260305FOR-322; D.SEQ-260305FOR-323; D.SEQ-260305FOR-324; D.SEQ-260305FOR-325; D.SEQ-260305FOR-326; D.SEQ-260305FOR-327; D.SEQ-260305FOR-328; D.SEQ-260305FOR-329; D.SEQ-260305FOR-330; D.SEQ-260305FOR-331; D.SEQ-260305FOR-332; D.SEQ-260305FOR-333; D.SEQ-260305FOR-334; D.SEQ-260305FOR-335; D.SEQ-260305FOR-336; D.SEQ-260305FOR-337; D.SEQ-260305FOR-338; D.SEQ-260305FOR-339; D.SEQ-260305FOR-340; D.SEQ-260305FOR-341; D.SEQ-260305FOR-342; D.SEQ-260305FOR-343; D.SEQ-260305FOR-344; D.SEQ-260305FOR-345; D.SEQ-260305FOR-346; D.SEQ-260305FOR-347; D.SEQ-260305FOR-348; D.SEQ-260305FOR-349; D.SEQ-260305FOR-350; D.SEQ-260305FOR-351; D.SEQ-260305FOR-352; D.SEQ-260305FOR-353; D.SEQ-260305FOR-354; D.SEQ-260305FOR-355; D.SEQ-260305FOR-356; D.SEQ-260305FOR-357; D.SEQ-260305FOR-358; D.SEQ-260305FOR-359; D.SEQ-260305FOR-360; D.SEQ-260305FOR-361; D.SEQ-260305FOR-362; D.SEQ-260305FOR-363; D.SEQ-260305FOR-364; D.SEQ-260305FOR-365; D.SEQ-260305FOR-366; D.SEQ-260305FOR-367; D.SEQ-260305FOR-368; D.SEQ-260305FOR-369; D.SEQ-260305FOR-370; D.SEQ-260305FOR-371; D.SEQ-260305FOR-372; D.SEQ-260305FOR-373; D.SEQ-260305FOR-374; D.SEQ-260305FOR-375; D.SEQ-260305FOR-376; D.SEQ-260305FOR-377; D.SEQ-260305FOR-378; D.SEQ-260305FOR-379; D.SEQ-260305FOR-380; D.SEQ-260305FOR-381; D.SEQ-260305FOR-382; D.SEQ-260305FOR-383; D.SEQ-260305FOR-384; D.SEQ-260305FOR-385; D.SEQ-260305FOR-386; D.SEQ-260305FOR-387; D.SEQ-260305FOR-388; D.SEQ-260305FOR-389; D.SEQ-260305FOR-390; D.SEQ-260305FOR-391; D.SEQ-260305FOR-392; D.SEQ-260305FOR-393; D.SEQ-260305FOR-394; D.SEQ-260305FOR-395; D.SEQ-260305FOR-396; D.SEQ-260305FOR-397; D.SEQ-260305FOR-398; D.SEQ-260305FOR-399; D.SEQ-260305FOR-400; D.SEQ-260305FOR-401; D.SEQ-260305FOR-402; D.SEQ-260305FOR-403; D.SEQ-260305FOR-404; D.SEQ-260305FOR-405; D.SEQ-260305FOR-406; D.SEQ-260305FOR-407; D.SEQ-260305FOR-408; D.SEQ-260305FOR-409; D.SEQ-260305FOR-410; D.SEQ-260305FOR-411; D.SEQ-260305FOR-412; D.SEQ-260305FOR-413; D.SEQ-260305FOR-414; D.SEQ-260305FOR-415; D.SEQ-260305FOR-416; D.SEQ-260305FOR-417; D.SEQ-260305FOR-418; D.SEQ-260305FOR-419; D.SEQ-260305FOR-420; D.SEQ-260305FOR-421; D.SEQ-260305FOR-422; D.SEQ-260305FOR-423; D.SEQ-260305FOR-424; D.SEQ-260305FOR-425; D.SEQ-260305FOR-426; D.SEQ-260305FOR-427; D.SEQ-260305FOR-428; D.SEQ-260305FOR-429; D.SEQ-260305FOR-430; D.SEQ-260305FOR-431; D.SEQ-260305FOR-432; D.SEQ-260305FOR-433; D.SEQ-260305FOR-434; D.SEQ-260305FOR-435; D.SEQ-260305FOR-436; D.SEQ-260305FOR-437; D.SEQ-260305FOR-438; D.SEQ-260305FOR-439; D.SEQ-260305FOR-440; D.SEQ-260305FOR-441; D.SEQ-260305FOR-442; D.SEQ-260305FOR-443; D.SEQ-260305FOR-444; D.SEQ-260305FOR-445; D.SEQ-260305FOR-446; D.SEQ-260305FOR-447; D.SEQ-260305FOR-448; D.SEQ-260305FOR-449; D.SEQ-260305FOR-450; D.SEQ-260305FOR-451; D.SEQ-260305FOR-452; D.SEQ-260305FOR-453; D.SEQ-260305FOR-454; D.SEQ-260305FOR-455; D.SEQ-260305FOR-456; D.SEQ-260305FOR-457; D.SEQ-260305FOR-458; D.SEQ-260305FOR-459; D.SEQ-260305FOR-460; D.SEQ-260305FOR-461; D.SEQ-260305FOR-462; D.SEQ-260305FOR-463; D.SEQ-260305FOR-464; D.SEQ-260305FOR-465; D.SEQ-260305FOR-466; D.SEQ-260305FOR-467; D.SEQ-260305FOR-468; D.SEQ-260305FOR-469; D.SEQ-260305FOR-470; D.SEQ-260305FOR-471

Software : fastp; GATK Mutect2; SnpEff; samtools

VariantCaller : Mutect2 (GATK)

AnnotationTool : SnpEff

AnnotationReference : M. tuberculosis Erdman genome annotation (ref. 20; companion to GenBank CP172229.1)

Type : De novo intrahost genomic variants (SNPs + indels) - high-confidence validated set

ReferenceGenome : M. tuberculosis Erdman barcoded reference genome (GenBank CP172229.1)

Pipeline : Mtb-NHP-genotyping (Fortune Lab)

FilterMethod : 3-step QC (IQR outlier removal; depth thresholding; multi-animal mismapping removal) + manual pileup validation

FilterSet : QC1: remove samples whose Mutect2-variant count is >1.5x IQR per sequencing batch (46 outlier samples removed, enriched for C>A artifacts). QC2: retain sequencing runs with mean depth >=50x; variant sites with local depth >50% of the sample mean; variant prevalence >10%. QC3: remove variants shared across >1 animal (systematic mismapping). Final: manual samtools pileup validation -> 143 high-confidence variants across 125 tissues.

Link_ReferenceGenome : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP172229.1

Link_Pipeline : https://github.com/Fortune-Lab/Mtb-NHP-genotyping