Selected Cell
Cell:
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Metadata
Description
Data internal metabolites
Data external metabolites
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| Item | Value | ||||||||
| Experimentator | Martijn | ||||||||
| Raw data | |||||||||
| Reference | SYSMO-LAB | ||||||||
| Description | Glucose pulsed cells for analysis of changes of the metabolome | ||||||||
| Aim | Change in metabolome in time upon glucose-pulse | ||||||||
| Strain information | NZ9000 | ||||||||
| Strain | Lactococcus lactis | ||||||||
| Vessel type | 50 ml Greiner tube | ||||||||
| Stirring rate | 0 | RPM | |||||||
| Temperature | 37 | degree celcius | |||||||
| Volume | 20 | ml | |||||||
| Gas flow | 100 | ml/min | |||||||
| Gas type | Nitrogen | ||||||||
| pH | 6.5 | ||||||||
| SOP's used | 6 | ||||||||
| Jermtype | 1 | ||||||||
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| NZ9000 was grown overnight in THY medium at 37°C | |||||||||
| The culture was diluted to OD=0.05 in THY medium | |||||||||
| Growth at 37 degree celcius non-shaking in a 1 liter bottle with 1 liter medium was performed till OD=2 | |||||||||
| The culture was centrifuged 10 minutes at 5000 RPM | |||||||||
| The pellet was resuspended in indicated medium/buffer (100 mM MES buffer pH 6.5 with varying concentration phosphate) | |||||||||
| The suspension was centrifuged for 10 minutes at 5000 RPM | |||||||||
| Total pellet was resuspended in 10 ml indicated medium/buffer | |||||||||
| OD here is around 35 to 50 | |||||||||
| Suspension was incubated under anaerobic flushing at 37 degree celcius for 10 minutes | |||||||||
| Approximately 20 mM glucose-pulse (final concentration) was performed and samples for internal metabolites (SOP8) were taken in time | |||||||||
| Phosphate concentration (mM) | 0 | 10 | 10 | 50 | |||||
| OD1 | 20.7 | 26.5 | 20.7 | 19.5 | |||||
| OD2 | 21.7 | 26.5 | 23.6 | 18.5 | |||||
| OD3 | 22.9 | 21.5 | 24.3 | 17.3 | |||||
| Average | 21.766666666666666 | 24.833333333333332 | 22.866666666666664 | 18.433333333333334 | |||||
| stdev | 1.1015141094572871 | 2.8867513459481353 | 1.9087517736294428 | 1.1015141094572356 | |||||
| Caculated dryweights (g/l) | 7.2555555555555555 | 8.277777777777777 | 7.622222222222221 | 6.144444444444445 | |||||
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| Identifier | Unit | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Strain | Time (min) | min | 0 | 0 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | 35 | 40 | 50 | 60 | MAX | ||||||||||||||||
| Metabolite | Phosphate concentration (mM) | ||||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | FBP | 0 | -1.1099045431315027 | -3.500468174491578 | 21.515072682240948 | 25.18629540182965 | 20.234413594012317 | 25.61318176457256 | 22.027336317532406 | 18.612245415589395 | 16.22168178422929 | 23.307995405761037 | 19.38064086852657 | 19.636772686172325 | 25.61318176457256 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | FBP | 10 | -1.3470127000482819 | 2.1701871278555274 | 25.742909378700052 | 26.41641572872419 | 21.85153935633843 | 23.57272225084452 | 25.742909378700062 | 34.049487695664325 | 28.21243266212187 | 41.757393701496014 | 30.008449595519544 | 6.884731578024443 | 41.757393701496014 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | FBP | 10 | -2.1130252672445025 | -0.5688914181042861 | 25.437573409520024 | 28.20076029745513 | 20.805171862099442 | 26.98170725866022 | 25.031222396588397 | 28.688381512973063 | 28.2007602974551 | 29.50108353883631 | 33.56459366815262 | 17.635633961232738 | 33.56459366815262 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | FBP | 50 | -2.621221217594414 | -2.5204050169176995 | 24.699969165793487 | 31.857919413839728 | 27.422006584064604 | 27.623638985418033 | 32.160368015869885 | 31.857919413839774 | 34.37832443075747 | 43.65341489301463 | 2.6212212175944103 | -5.242442435188853 | 43.65341489301463 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | G6P | 0 | 0.3322345368183355 | -0.16611726840916702 | 3.9037558076154393 | 2.40870039193293 | 2.3879357333817848 | 1.7649959768474048 | 1.702702001193967 | 1.5573493913359466 | 1.370467464375633 | 1.1420562203130276 | 1.3497028058244869 | 1.328938147273341 | 3.9037558076154393 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | G6P | 10 | -0.10920259356159608 | -0.036400864520533094 | 3.6218860197929708 | 3.0576726197247184 | 3.0394721874644537 | 3.7128881810943013 | 3.6036855875327043 | 3.585485155272437 | 3.2032760778068488 | 3.2032760778068488 | 2.8938687293823238 | -0.23660561938346059 | 3.7128881810943013 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | G6P | 10 | -0.03953155111923762 | -0.49414438899046315 | 2.8067401294658305 | 2.391658842713842 | 3.004397885062016 | 2.8265059050254484 | 3.0043978850620148 | 3.0241636606216327 | 3.241587191777438 | 2.0161091070810895 | 2.7276770272273567 | 0.9289914513020718 | 3.241587191777438 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | G6P | 50 | -0.12259784840776083 | -0.5394305329941448 | 3.8250528703221263 | 4.021209427774542 | 4.070248567137647 | 3.9721702884114394 | 3.9476507187298884 | 3.825052870322125 | 4.3399638336347195 | 3.653415882551261 | 0.220676127133969 | 1.4711741808931253 | 4.3399638336347195 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | F6P | 0 | 1.0726812090246365 | 0.08468535860720694 | -0.22582762295255424 | -0.08468535860720734 | 0.5081121516432501 | -0.3387414344288317 | 0.08468535860720727 | 0.08468535860720736 | 0.11291381147627758 | 0.45165524590511014 | 0.22582762295255426 | 0.028228452869068166 | 1.0726812090246365 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | F6P | 10 | 0.1731976618315646 | 0 | -0.04948504623758902 | 0.04948504623758726 | 0.39588036990072073 | 0.544335508613493 | 0.42062289301951644 | 0.47010793925710714 | 0.5443355086134917 | 0.0742275693563823 | 0.12371261559397523 | 0 | 0.544335508613493 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | F6P | 10 | 0.37618734129596504 | -0.5105399631873828 | -0.4299283900525323 | 0.16122314626969947 | -0.16122314626970025 | -0.2955757681611142 | 0.5642810119439486 | 0.9673388776181969 | 0.42992839005253436 | 0.5105399631873833 | 0.2418347194045489 | 0.4836694388090986 | 0.9673388776181969 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | F6P | 50 | 0.09999916667361247 | 0.3666636111365738 | 0.4333297222523155 | 0.5666619444837921 | 0.6333280555995404 | 0.9333255556203688 | 0.9666586111782373 | 0.4333297222523136 | 0.6666611111574093 | 0.5666619444837968 | 0.16666527778935175 | -0.1999983333472231 | 0.9666586111782373 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | ATP | 0 | -0.08300236141718231 | 0.03320094456687364 | 1.6766477006270835 | 2.224463285980486 | 2.5730732039326516 | 2.456869897948597 | 2.3240661196811043 | 3.270293039836983 | 2.855281232751072 | 3.2038911507032384 | 3.8679100420406964 | 4.3327232659769175 | 4.3327232659769175 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | ATP | 10 | 0.014550481075279897 | -0.058201924301122004 | 1.4404976264527751 | 1.7024062858078246 | 2.3280769720448875 | 2.3717284152707303 | 2.342627453120169 | 3.128353431185319 | 2.9828486204325135 | 4.001382295702152 | 4.365144322584166 | 1.513250031829178 | 4.365144322584166 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | ATP | 10 | -0.09481144374125869 | -0.28443433122377826 | 1.754011709213303 | 1.659200265472043 | 2.8917490341084164 | 2.0068422258566616 | 2.2912765570804403 | 2.7021261466258983 | 3.729250120489544 | 3.128777643461566 | 4.94599698183571 | 3.112975736171356 | 4.94599698183571 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | ATP | 50 | 0.019602366005575765 | 1.0585277643011513 | 2.9795596328476837 | 2.6659217767584558 | 2.7051265087696086 | 3.1951856589090295 | 3.4108116849703767 | 4.057689763154412 | 4.979000965416525 | 8.76225760449286 | 2.411091018685956 | 1.1173348623178818 | 8.76225760449286 | ||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PEP | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PEP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
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| NZ9000 | PEP | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 2PGA | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 2PGA | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 2PGA | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 2PGA | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | PYR | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | ADP | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | ADP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | ADP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | ADP | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | AMP | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | AMP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | AMP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | AMP | 50 |
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| Glucose consumption rates | Phosphate concentration | rate lactate | Dryweight (g/l) | qlac (mmol/g/h) | rate glucose | qglu (mmol/g/h) | |||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 0 | 7.2555555555555555 | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 10 | 8.277777777777777 | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 10 | 7.622222222222221 | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 50 | 6.144444444444445 | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Strain | Phosphate concentration (mM) | ||||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | 35 | 40 | 50 | 60 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Unit | Strain | Phosphate concentration (mM) | |||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | 35 | 40 | 50 | 60 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Unit | Strain | Phosphate concentration (mM) | |||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | 35 | 40 | 50 | 60 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Unit | Strain | Phosphate concentration (mM) | |||||||||||||||||||||||||
| NZ9000 | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | 35 | 40 | 50 | 60 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
