Selected Cell
Cell:
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Metadata
Description
Data internal metabolites
Data external metabolites
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| Item | Value | ||||||||
| Experimentator | Martijn | ||||||||
| Raw data | |||||||||
| Reference | SYSMO-LAB | ||||||||
| Description | Glucose pulsed cells for analysis of changes of the metabolome | ||||||||
| Aim | Change in metabolome in time upon glucose-pulse | ||||||||
| Strain information | V538 | ||||||||
| Strain | Enterococcus faecalis | ||||||||
| Vessel type | 50 ml Greiner tube | ||||||||
| Stirring rate | 0 | RPM | |||||||
| Temperature | 37 | degree celcius | |||||||
| Volume | 20 | ml | |||||||
| Gas flow | 500 | ml/min | |||||||
| Gas type | Nitrogen | ||||||||
| pH | 6.5 | ||||||||
| SOP's used | 6 | ||||||||
| Jermtype | 1 | ||||||||
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| V538was grown overnight in THY medium at 37°C | |||||||||
| The culture was diluted to OD=0.05 in THY medium | |||||||||
| Growth at 37 degree celcius non-shaking in a 1 liter bottle with 1 liter medium was performed till OD=2.3 and 2.4 | |||||||||
| The culture was centrifuged 10 minutes at 5000 RPM | |||||||||
| The pellet was resuspended in indicated medium/buffer (100 mM MES buffer pH 6.5 with varying concentration phosphate) | |||||||||
| The suspension was centrifuged for 10 minutes at 5000 RPM | |||||||||
| Total pellet was resuspended in 10 ml indicated medium/buffer | |||||||||
| OD here is around 20 to 30 | |||||||||
| Suspension was incubated under anaerobic flushing at 37 degree celcius for 10 minutes | |||||||||
| Approximately 20 mM glucose-pulse (final concentration) was performed and samples for internal metabolites (SOP8) were taken in time | |||||||||
| Phosphate concentration (mM) | 0 | 10 | 50 | 50 | |||||
| OD1 | 28 | 29 | 24.5 | 25 | |||||
| OD2 | 32.6 | 28.5 | 26.5 | 24.5 | |||||
| OD3 | 22 | 28.2 | 21 | 22.5 | |||||
| Average | 27.53333333333333 | 28.566666666666666 | 24 | 24 | |||||
| stdev | 5.315386470740727 | 0.40414518843255426 | 2.7838821814150108 | 1.3228756555322954 | |||||
| Caculated dryweights (g/l) | 9.177777777777777 | 9.522222222222222 | 8 | 8 | |||||
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| Identifier | Unit | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Strain | Time (min) | min | 0 | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | MAX | ||||||||||||||||
| Metabolite | Phosphate concentration (mM) | ||||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | FBP | 0 | -1.0567068973730667 | -0.23861123489069058 | 9.0672269258462 | 11.41925195548298 | 12.612308129936416 | -1.772540602045133 | 6.715201896209411 | 6.408416022778532 | 7.396948281611342 | 9.203576202926552 | 5.96528087226727 | 5.658494998836313 | 12.612308129936416 | ||||||||||||||||
| V538 | FBP | 10 | -0.6570857810291715 | -0.032854289051503116 | 9.10063806725448 | 13.04315275342968 | 10.907623965084742 | 9.33061809061466 | 11.63041832421687 | 9.593452403026355 | 8.542115153379616 | 7.786466505196062 | 1.0184829605952768 | 0.3942514686174974 | 13.04315275342968 | ||||||||||||||||
| V538 | FBP | 50 | 0.2737401111385127 | 0.2737401111385118 | 14.742860271315557 | 16.58082958895963 | 16.776358239772875 | 16.22887801749591 | 15.368551953917807 | 8.916106477082067 | 7.5083001912270415 | 7.039031429275296 | 0.6647974127649103 | -0.31284584130110016 | 16.776358239772875 | ||||||||||||||||
| V538 | FBP | 50 | 0.15642292065059138 | 0.35195157146371336 | 13.687005556924259 | 14.23448577920125 | 15.368551953917807 | 3.2066698733365175 | 12.86578522350878 | 8.681472096106258 | 5.279273571956498 | 9.776432540660185 | 7.5474059213897 | 8.407731984967759 | 15.368551953917807 | ||||||||||||||||
| V538 | G6P | 0 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | G6P | 10 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | G6P | 50 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | G6P | 50 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | F6P | 0 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | F6P | 10 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | F6P | 50 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | F6P | 50 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ATP | 0 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ATP | 10 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ATP | 50 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ATP | 50 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PEP | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PEP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PEP | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PEP | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | 2PGA | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | 2PGA | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | 2PGA | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | 2PGA | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | PYR | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ADP | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ADP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ADP | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | ADP | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | AMP | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | AMP | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | AMP | 50 | |||||||||||||||||||||||||||||
| V538 | AMP | 50 |
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| Glucose consumption rates | Phosphate concentration | rate lactate | Dryweight (g/l) | qlac (mmol/g/h) | rate glucose | qglu (mmol/g/h) | |||||||||||||||||||||||
| V538 | 0 | 0.774 | 9.177777777777777 | 5.0600484261501215 | 0.39 | 2.5496368038740926 | |||||||||||||||||||||||
| V538 | 10 | 0.73 | 9.522222222222222 | 4.599766627771295 | 0.52 | 3.2765460910151694 | |||||||||||||||||||||||
| V538 | 50 | 0.87 | 8 | 6.525 | 0.54 | 4.050000000000001 | |||||||||||||||||||||||
| V538 | 50 | 0.69 | 8 | 5.175 | 0.37 | 2.775 | |||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Unit | Strain | Phosphate concentration (mM) | |||||||||||||||||||||||||
| V538 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | -0.011407407407407453 | 10.162370370370368 | 9.877185185185185 | 9.083555555555554 | 8.381185185185187 | 8.811407407407408 | 6.456592592592592 | 4.631407407407408 | 3.0816296296296297 | 1.355851851851852 | 0.0065185185185184956 | ||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | 0.01111111111111085 | 1.2311111111111113 | 3.04 | 4.22 | 4.928888888888889 | 6.391111111111109 | 9.54 | 12.717777777777778 | 12.997777777777777 | 15.82222222222222 | 18.675555555555555 | ||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Unit | Strain | Phosphate concentration (mM) | |||||||||||||||||||||||||
| V538 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | -0.04562962962962981 | 9.108000000000002 | 9.378518518518518 | 8.560444444444444 | 7.776592592592592 | 7.230666666666667 | 5.193629629629631 | 3.0131851851851854 | 1.3330370370370366 | 0.02770370370370352 | 0.0586666666666668 | ||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | -0.01777777777777656 | 1.1 | 2.5266666666666664 | 4.52 | 5.282222222222224 | 6.773333333333333 | 9.842222222222222 | 11.724444444444442 | 12.162222222222223 | 13.395555555555557 | 18.966666666666665 | ||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Unit | Strain | Phosphate concentration (mM) | |||||||||||||||||||||||||
| V538 | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | 0.014666666666666528 | 9.751703703703702 | 9.114518518518516 | 8.493629629629629 | 7.65762962962963 | 6.994370370370371 | 4.378814814814815 | 2.159259259259259 | 0.08148148148148136 | -0.021185185185185373 | 0.022814814814814562 | ||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | 0.04444444444444384 | 1.3888888888888897 | 3.4066666666666667 | 5.2511111111111095 | 6.626666666666667 | 6.94 | 10.42 | 14.808888888888891 | 12.68 | 13.415555555555553 | 18.94666666666667 | ||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
| Technique | Identifier | Unit | Strain | Phosphate concentration (mM) | |||||||||||||||||||||||||
| V538 | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Time | min | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | |||||||||||||||||
| Enzymatic | Glucose | mM | 0.013037037037036991 | 10.056444444444443 | 9.813629629629629 | 9.326370370370368 | 8.596296296296295 | 7.6853333333333325 | 6.546222222222223 | 4.870962962962963 | 3.221777777777778 | 1.5155555555555553 | 0.24933333333333332 | ||||||||||||||||
| Enzymatic | Lactate | mM | 0.11555555555555652 | 1.071111111111111 | 2.522222222222223 | 3.7533333333333334 | 4.28 | 5.7044444444444435 | 9.577777777777778 | 10.693333333333333 | 12.76 | 14.506666666666666 | 14.437777777777775 | ||||||||||||||||
| Not measured | Phosphate | mM | |||||||||||||||||||||||||||
