Selected Cell
Cell:
Value:
Introduction
PCR efficiency
CP input + randomisation test
CP variation (several HKG)
Regulation plot
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| Relative Expression Software Tool - Multiple Condition Solver REST-MCS © - version 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Calculation Software for the Relative Expression in real-time PCR | ||||||||||||||||||||||||||||||
| using Pair Wise Fixed Reallocation Randomisation Test © | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Publications | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Direct download (mirror) | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Direct support | http://rest.gene-quantification.info/ | rest@gene-quantification.info | ||||||||||||||||||||||||||||
| © 2001 - 2004 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan | © 2005 - 2006 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan & Y.Vainshtein & P.Avery | |||||||||||||||||||||||||||||
| name of the gene | ||||||||||||||||||||||||||||||
| reference gene | TUB | = cells for data and name input | ||||||||||||||||||||||||||||
| [ reference gene] | L18 | * | ||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 2] | AtrD11 | = data output | ||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 3] | HarFar | |||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 4] | = CP variations | |||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 5] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 6] | = run randomisation test | |||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 7] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 8] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| [target gene 9] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| pre-selected reference gene = red | ||||||||||||||||||||||||||||||
| target gene(s) = blue | ||||||||||||||||||||||||||||||
| general header and settings = dark red | ||||||||||||||||||||||||||||||
| * Mark gene to use it for calucation of Normalization factor. Repeat randomization test to update expression ratio values if necessary. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| name of the condition | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference Condition | WT | |||||||||||||||||||||||||||||
| Condition I | C12#1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Condition II | C123#1.1 | |||||||||||||||||||||||||||||
| Condition III | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Condition IV | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Condition V | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Condition VI | ||||||||||||||||||||||||||||||
A
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| Calculation Matrix for PCR efficiency | ||||||||||||||||||||||
| Publications | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | ||||||||||||||||||||
| Direct download (mirror) | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | ||||||||||||||||||||
| Direct support | http://rest.gene-quantification.info/ | rest@gene-quantification.info | ||||||||||||||||||||
| © 2001 - 2004 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan | ||||||||||||||||||||||
| © 2005 - 2006 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan & Y.Vainshtein & P.Avery | ||||||||||||||||||||||
| cDNA input | mean CP | mean CP | mean CP | mean CP | mean CP | |||||||||||||||||
| [ ng ] | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | |||||||||||||||||
| TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||||||||
| 1 | 14.38 | 14.75 | 26.21 | 27.05 | ||||||||||||||||||
| 0.5 | 15.305 | 15.79 | 26.953 | 27.617 | ||||||||||||||||||
| 0.25 | 16.525 | 16.743 | 28.367 | 28.35 | ||||||||||||||||||
| 0.125 | 17.455 | 17.857 | 29.023 | 29.183 | ||||||||||||||||||
| 0.0625 | 18.495 | 18.897 | 29.617 | 30.177 | ||||||||||||||||||
| 0.03125 | 19.385 | 19.933 | 30.527 | 30.933 | ||||||||||||||||||
| 0.015625 | 20.195 | 31.637 | 32.127 | |||||||||||||||||||
| 0.0078125 | 21.065 | 32.39 | 32.773 | |||||||||||||||||||
| slope | -3.19785 | -3.44956 | -2.91671 | -2.82186 | ||||||||||||||||||
| SE(slope) | ±0.11407 | ±0 | ±0.18057 | ±0.1746 | ||||||||||||||||||
| Efficiency | 2.05 | 1.95 | 2.2 | 2.26 | ||||||||||||||||||
| SE(E) | ±0.05277 | ±0 | ±0.10763 | ±0.11417 | ||||||||||||||||||
| correlation | -0.999 | -1 | -0.997 | -0.997 | ||||||||||||||||||
| mean CP | mean CP | mean CP | mean CP | mean CP | ||||||||||||||||||
| [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | ||||||||||||||||||
| 1 | ||||||||||||||||||||||
| 0.5 | ||||||||||||||||||||||
| 0.25 | ||||||||||||||||||||||
| 0.125 | ||||||||||||||||||||||
| 0.0625 | ||||||||||||||||||||||
| 0.03125 | ||||||||||||||||||||||
| 0.015625 | ||||||||||||||||||||||
| 0.0078125 | ||||||||||||||||||||||
| slope | ||||||||||||||||||||||
| SE(slope) | ||||||||||||||||||||||
| Efficiency | ||||||||||||||||||||||
| SE(E) | ||||||||||||||||||||||
| correlation | ||||||||||||||||||||||
| Calculation of the mean CP (n = 3) of reference gene and target genes | Statistic | TUB | X | Y | X*Y | log X | Y | logX*Y | ||||||||||||||
| N | 8 | 8 | 8 | N | 8 | 8 | 8 | |||||||||||||||
| cDNA input | CP run 1 | CP run 2 | CP run 3 | n | mean CP | sum | 1.9921875 | 142.805 | 30.587460937499998 | sum | -8.428839878591473 | 142.805 | -162.63145515746584 | |||||||||
| [ ng ] | [ reference gene ] | Calculation | Calculation | log X (1) | log X (2) | X (2) | Calculation | Calculation | mean | 0.249 | 17.851 | mean | -1.054 | 17.851 | ||||||||
| TUB | X*Y (1) | X*Y (2) | logX*Y (1) | logX*Y (2) | sums of X^2 and Y^2 | 1.333 | 2588.196 | sums | 12.687 | 2588.196 | ||||||||||||
| SS[X], SS[Y], SC[XY] | 0.837 | 39.037 | -4.974 | SS[X] | 3.806 | 39.037 | -12.171 | |||||||||||||||
| 1 | 14.33 | 14.43 | 2 | 14.38 | 14.38 | 14.38 | 0 | 0 | 1 | 0 | variance | 0.12 | 5.577 | n-1 | variance | 0.544 | 5.577 | n-1 | ||||
| 0.5 | 15.3 | 15.31 | 2 | 15.305 | 7.6525 | 7.6525 | -0.3010299956639812 | -0.3010299956639812 | 0.5 | -4.607264083637232 | std. dev. | 0.346 | 2.362 | n-1 | std. dev. | 0.738 | 2.362 | n-1 | ||||
| 0.25 | 16.52 | 16.53 | 2 | 16.525 | 4.13125 | 4.13125 | -0.6020599913279624 | -0.6020599913279624 | 0.25 | -9.949041356694577 | ||||||||||||
| 0.125 | 17.43 | 17.48 | 2 | 17.455 | 2.181875 | 2.181875 | -0.9030899869919435 | -0.9030899869919435 | 0.125 | -15.763435722944372 | linear Reg. | r | -0.87 | log10 Reg. | r | -0.999 | SE(E) | 0.05276926620663719 | ||||
| 0.0625 | 18.46 | 18.53 | 2 | 18.495 | 1.1559375 | 1.1559375 | -1.2041199826559248 | -1.2041199826559248 | 0.0625 | -22.27019907922133 | r^2 | 0.757 | r^2 | 0.998 | ±0.05277 | |||||||
| 0.03125 | 19.45 | 19.32 | 2 | 19.385 | 0.60578125 | 0.60578125 | -1.505149978319906 | -1.505149978319906 | 0.03125 | -29.17733232973138 | intercept | 19.331 | intercept | 14.48 | Efficiency | 2.05 | ||||||
| 0.015625 | 20.2 | 20.19 | 2 | 20.195 | 0.315546875 | 0.315546875 | -1.806179973983887 | -1.806179973983887 | 0.015625 | -36.4758045746046 | slope | -5.94265 | slope | -3.19785 | TUB | 2.0545187169550587 | ||||||
| 0.0078125 | 21.13 | 21 | 2 | 21.065 | 0.1645703125 | 0.1645703125 | -2.1072099696478683 | -2.1072099696478683 | 0.0078125 | -44.38837801063235 | SE | ±1.257 | SE | ±0.11407 | 0.11407 | 1 | ||||||
| Statistic | L18 | X | Y | X*Y | log X | Y | logX*Y | |||||||||||||||
| N | 6 | 6 | 6 | N | 6 | 6 | 6 | |||||||||||||||
| cDNA input | CP run 1 | CP run 2 | CP run 3 | n | mean CP | sum | 1.96875 | 103.97 | 30.866843749999997 | sum | -4.515449934959718 | 103.97 | -83.71644179415317 | |||||||||
| [ ng ] | [ reference gene] | mean | 0.328 | 17.328 | mean | -0.753 | 17.328 | |||||||||||||||
| L18 | sums of X^2 and Y^2 | 1.333 | 1820.508 | sums | 4.984 | 1820.508 | ||||||||||||||||
| SS[X], SS[Y], SC[XY] | 0.687 | 18.881 | -3.248 | SS[X] | 1.586 | 18.881 | -5.471 | |||||||||||||||
| 1 | 14.75 | 14.73 | 14.77 | 3 | 14.75 | 14.75 | 14.75 | 0 | 0 | 1 | 0 | variance | 0.137 | 3.776 | n-1 | variance | 0.317 | 3.776 | n-1 | |||
| 0.5 | 15.77 | 15.79 | 15.81 | 3 | 15.79 | 7.895 | 7.895 | -0.3010299956639812 | -0.3010299956639812 | 0.5 | -4.753263631534263 | std. dev. | 0.37 | 1.943 | n-1 | std. dev. | 0.563 | 1.943 | n-1 | |||
| 0.25 | 16.78 | 16.6 | 16.85 | 3 | 16.743 | 4.18575 | 4.18575 | -0.6020599913279624 | -0.6020599913279624 | 0.25 | -10.080290434804073 | |||||||||||
| 0.125 | 17.82 | 17.86 | 17.89 | 3 | 17.857 | 2.232125 | 2.232125 | -0.9030899869919435 | -0.9030899869919435 | 0.125 | -16.126477897715134 | linear Reg. | r | -0.902 | log10 Reg. | r | -1 | SE(E) | 0 | |||
| 0.0625 | 18.9 | 18.92 | 18.87 | 3 | 18.897 | 1.1810625 | 1.1810625 | -1.2041199826559248 | -1.2041199826559248 | 0.0625 | -22.754255312249008 | r^2 | 0.814 | r^2 | 1 | ±0 | ||||||
| 0.03125 | 19.87 | 19.95 | 19.98 | 3 | 19.933 | 0.62290625 | 0.62290625 | -1.505149978319906 | -1.505149978319906 | 0.03125 | -30.002154517850688 | intercept | 18.879 | intercept | 14.73 | Efficiency | 1.95 | |||||
| 0.015625 | 0 | -1.806179973983887 | slope | -4.7278 | slope | -3.44956 | 1.9493599726747255 | |||||||||||||||
| 0.0078125 | 0 | -2.1072099696478683 | SE | ±0.937 | SE | ±0 | 0 | 1 | ||||||||||||||
| Statistic | AtrD11 | X | Y | X*Y | log X | Y | logX*Y | |||||||||||||||
| N | 8 | 8 | 8 | N | 8 | 8 | 8 | |||||||||||||||
| cDNA input | CP run 1 | CP run 2 | CP run 3 | n | mean CP | sum | 1.9921875 | 234.724 | 53.95853125000001 | sum | -8.428839878591473 | 234.724 | -258.4074596079138 | |||||||||
| [ ng ] | [target gene 2] | mean | 0.249 | 29.341 | mean | -1.054 | 29.341 | |||||||||||||||
| AtrD11 | sums of X^2 and Y^2 | 1.333 | 6919.526 | sums | 12.687 | 6919.526 | ||||||||||||||||
| SS[X], SS[Y], SC[XY] | 0.837 | 32.606 | -4.493 | SS[X] | 3.806 | 32.606 | -11.101 | |||||||||||||||
| 1 | 26.02 | 26.32 | 26.29 | 3 | 26.21 | 26.21 | 26.21 | 0 | 0 | 1 | 0 | variance | 0.12 | 4.658 | n-1 | variance | 0.544 | 4.658 | n-1 | |||
| 0.5 | 26.93 | 26.67 | 27.26 | 3 | 26.953 | 13.4765 | 13.4765 | -0.3010299956639812 | -0.3010299956639812 | 0.5 | -8.113661473131286 | std. dev. | 0.346 | 2.158 | n-1 | std. dev. | 0.738 | 2.158 | n-1 | |||
| 0.25 | 27.74 | 29.32 | 28.04 | 3 | 28.367 | 7.09175 | 7.09175 | -0.6020599913279624 | -0.6020599913279624 | 0.25 | -17.07863577400031 | |||||||||||
| 0.125 | 29.14 | 28.85 | 29.08 | 3 | 29.023 | 3.627875 | 3.627875 | -0.9030899869919435 | -0.9030899869919435 | 0.125 | -26.210380692467176 | linear Reg. | r | -0.86 | log10 Reg. | r | -0.997 | SE(E) | 0.1076283877134771 | |||
| 0.0625 | 29.6 | 29.63 | 29.62 | 3 | 29.617 | 1.8510625 | 1.8510625 | -1.2041199826559248 | -1.2041199826559248 | 0.0625 | -35.66242152632053 | r^2 | 0.74 | r^2 | 0.994 | ±0.10763 | ||||||
| 0.03125 | 30.31 | 30.65 | 30.62 | 3 | 30.527 | 0.95396875 | 0.95396875 | -1.505149978319906 | -1.505149978319906 | 0.03125 | -45.94771338817177 | intercept | 30.678 | intercept | 26.267 | Efficiency | 2.2 | |||||
| 0.015625 | 31.18 | 31.93 | 31.8 | 3 | 31.637 | 0.494328125 | 0.494328125 | -1.806179973983887 | -1.806179973983887 | 0.015625 | -57.142115836928234 | slope | -5.36798 | slope | -2.91671 | 0 | 2.202176120705408 | |||||
| 0.0078125 | 32.18 | 32.1 | 32.89 | 3 | 32.39 | 0.253046875 | 0.253046875 | -2.1072099696478683 | -2.1072099696478683 | 0.0078125 | -68.25253091689446 | SE | ±1.189 | SE | ±0.18057 | 0.18057 | 1 | |||||
| Statistic | HarFar | X | Y | X*Y | log X | Y | logX*Y | |||||||||||||||
| N | 8 | 8 | 8 | N | 8 | 8 | 8 | |||||||||||||||
| cDNA input | CP run 1 | CP run 2 | CP run 3 | n | mean CP | sum | 1.9921875 | 238.20999999999998 | 55.2046171875 | sum | -8.428839878591473 | 238.20999999999998 | -261.7190905902132 | |||||||||
| [ ng ] | [target gene 3] | mean | 0.249 | 29.776 | mean | -1.054 | 29.776 | |||||||||||||||
| HarFar | sums of X^2 and Y^2 | 1.333 | 7123.487 | sums | 12.687 | 7123.487 | ||||||||||||||||
| SS[X], SS[Y], SC[XY] | 0.837 | 30.486 | -4.115 | SS[X] | 3.806 | 30.486 | -10.74 | |||||||||||||||
| 1 | 26.72 | 26.6 | 27.83 | 3 | 27.05 | 27.05 | 27.05 | 0 | 0 | 1 | 0 | variance | 0.12 | 4.355 | n-1 | variance | 0.544 | 4.355 | n-1 | |||
| 0.5 | 27.7 | 27.55 | 27.6 | 3 | 27.617 | 13.8085 | 13.8085 | -0.3010299956639812 | -0.3010299956639812 | 0.5 | -8.31354539025217 | std. dev. | 0.346 | 2.087 | n-1 | std. dev. | 0.738 | 2.087 | n-1 | |||
| 0.25 | 28.33 | 28.43 | 28.29 | 3 | 28.35 | 7.0875 | 7.0875 | -0.6020599913279624 | -0.6020599913279624 | 0.25 | -17.068400754147735 | |||||||||||
| 0.125 | 29.1 | 29.32 | 29.13 | 3 | 29.183 | 3.647875 | 3.647875 | -0.9030899869919435 | -0.9030899869919435 | 0.125 | -26.35487509038589 | linear Reg. | r | -0.815 | log10 Reg. | r | -0.997 | SE(E) | 0.11417346797136257 | |||
| 0.0625 | 30.07 | 30.2 | 30.26 | 3 | 30.177 | 1.8860625 | 1.8860625 | -1.2041199826559248 | -1.2041199826559248 | 0.0625 | -36.336728716607844 | r^2 | 0.664 | r^2 | 0.994 | ±0.11417 | ||||||
| 0.03125 | 30.82 | 31.12 | 30.86 | 3 | 30.933 | 0.96665625 | 0.96665625 | -1.505149978319906 | -1.505149978319906 | 0.03125 | -46.55880427936965 | intercept | 31 | intercept | 26.802 | Efficiency | 2.26 | |||||
| 0.015625 | 32.41 | 31.65 | 32.32 | 3 | 32.127 | 0.501984375 | 0.501984375 | -1.806179973983887 | -1.806179973983887 | 0.015625 | -58.027144024180345 | slope | -4.91637 | slope | -2.82186 | 0 | 2.2613937710908254 |
A
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| Pair Wise Fixed Reallocation Randomisation Test © | ||||||||||||||||||||
| Publications | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | ||||||||||||||||||
| Direct download (mirror) | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | ||||||||||||||||||
| Direct support | http://rest.gene-quantification.info/ | rest@gene-quantification.info | ||||||||||||||||||
| © 2001 & 2004 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan | ||||||||||||||||||||
| © 2005 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan & Y.Vainshtein & P.Avery | ||||||||||||||||||||
| * Mark gene to use it for calucation of Normalization factor. Repeat randomization test to update expression ratio values if necessary. | Condition I | 2 | ||||||||||||||||||
| alternative Efficiency | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | Condition II | |||||||||
| Efficiency | 2.05 | 1.95 | 2.2 | 2.26 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | Condition III | |||||||||
| Condition IV | ||||||||||||||||||||
| CP input | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | Condition V | |||||||||
| Ref. Condition | * | Condition VI | ||||||||||||||||||
| WT | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | ||||||||||||||||
| control 1 | 8.81 | 19.82 | 35 | 35 | ||||||||||||||||
| control 2 | 8.51 | 20.08 | 35 | 32.72 | ||||||||||||||||
| control 3 | 9.8 | 20.17 | 32.81 | 33.39 | ||||||||||||||||
| control 4 | 9.28 | 21.71 | 35 | 35 | ||||||||||||||||
| control 5 | 8.82 | 21.17 | 35 | 35 | ||||||||||||||||
| control 6 | 9.47 | 21.4 | 35 | 35 | ||||||||||||||||
| control 7 | ||||||||||||||||||||
| control 8 | ||||||||||||||||||||
| control 9 | ||||||||||||||||||||
| control 10 | ||||||||||||||||||||
| CP input | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | ||||||||||
| Condition I | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | ||||||||||||||||
| C12#1.2 | ||||||||||||||||||||
| sample 1 | 7.62 | 19.47 | 26.68 | 26.94 | ||||||||||||||||
| sample 2 | 7.88 | 20.03 | 26.89 | 27.45 | ||||||||||||||||
| sample 3 | 9.23 | 20.15 | 26.62 | 27.76 | ||||||||||||||||
| sample 4 | 7.47 | 20.12 | 27.08 | 27.1 | ||||||||||||||||
| sample 5 | 7.41 | 20.14 | 27.09 | 27.29 | ||||||||||||||||
| sample 6 | 7.89 | 20.61 | 27.07 | 27.58 | ||||||||||||||||
| sample 7 | ||||||||||||||||||||
| sample 8 | ||||||||||||||||||||
| sample 9 | ||||||||||||||||||||
| sample 10 | ||||||||||||||||||||
| Specify the range on the spreadsheet. Go to last cell of last target gene to define the spreadsheet. | ||||||||||||||||||||
| Significant | UP | UP | ||||||||||||||||||
| Genes | Ref. | Ref. | 2 | 3 | ||||||||||||||||
| PCR Efficiencies | 2.05 | 1.95 | 2.2 | 2.26 | ||||||||||||||||
| Control Means | 9.115 | 20.724999999999998 | 34.635 | 34.35166666666667 | ||||||||||||||||
| Sample Means | 7.916666666666667 | 20.086666666666666 | 26.904999999999998 | 27.353333333333335 | ||||||||||||||||
| Expression Ratios | 233.1124242730943 | 158.05454592517887 | ||||||||||||||||||
| p-Values | 0.0015 | 0.0015 | ||||||||||||||||||
| Expression Ratios-nn | 2.363660205525015 | 1.5315767334467987 | 443.53441421479744 | 300.72455665762305 | ||||||||||||||||
| p-Values-nn | 0.007 | 0.1205 | 0.001 | 0.001 | ||||||||||||||||
| 2000 | of | 2000 | done | |||||||||||||||||
| CP input | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | ||||||||||
| Condition II | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | ||||||||||||||||
| C123#1.1 | ||||||||||||||||||||
| sample 1 | 8.18 | 18.86 | 26.92 | 27.51 | ||||||||||||||||
| sample 2 | 7.81 | 18.64 | 26.8 | 27.29 | ||||||||||||||||
| sample 3 | 8.7 | 18.93 | 26.85 | 27.65 | ||||||||||||||||
| sample 4 | 8.5 | 19.46 | 27.83 | 27.25 | ||||||||||||||||
| sample 5 | 9.27 | 19.56 | 27.82 | 27.59 | ||||||||||||||||
| sample 6 | 9.51 | 19.85 | 27.44 | 27.91 | ||||||||||||||||
| sample 7 | ||||||||||||||||||||
| sample 8 | ||||||||||||||||||||
| sample 9 | ||||||||||||||||||||
| sample 10 | ||||||||||||||||||||
| Specify the range on the spreadsheet. Go to last cell of last target gene to define the spreadsheet. | ||||||||||||||||||||
| Significant | UP | UP | ||||||||||||||||||
| Genes | Ref. | Ref. | 2 | 3 | ||||||||||||||||
| PCR Efficiencies | 2.05 | 1.95 | 2.2 | 2.26 | ||||||||||||||||
| Control Means | 9.115 | 20.724999999999998 | 34.635 | 34.35166666666667 | ||||||||||||||||
| Sample Means | 8.661666666666665 | 19.21666666666667 | 27.276666666666667 | 27.53333333333333 | ||||||||||||||||
| Expression Ratios | 169.9266837129523 | 133.36157924095383 | ||||||||||||||||||
| p-Values | 0.0045 | 0.004 | ||||||||||||||||||
| Expression Ratios-nn | 1.3846130387930105 | 2.7382233663032918 | 330.87215982524737 | 259.67454196716534 | ||||||||||||||||
| p-Values-nn | 0.2065 | 0.003 | 0.001 | 0.001 | ||||||||||||||||
| 2000 | of | 2000 | done | |||||||||||||||||
| CP input | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | ||||||||||
| Condition III | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | ||||||||||||||||
| sample 1 | ||||||||||||||||||||
| sample 2 | ||||||||||||||||||||
| sample 3 | ||||||||||||||||||||
| sample 4 | ||||||||||||||||||||
| sample 5 | ||||||||||||||||||||
| sample 6 |
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100
| Variation data output - calculation based on group means | |||||||||||||||||
| Publications | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | |||||||||||||||
| Direct download (mirror) | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | |||||||||||||||
| Direct support | http://rest.gene-quantification.info/ | rest@gene-quantification.info | |||||||||||||||
| © 2001 - 2004 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan | |||||||||||||||||
| © 2005 - 2006 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan & Y.Vainshtein & P.Avery | |||||||||||||||||
| Efficiency | 2.05 | 1.95 | 2.2 | 2.26 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | |||||||
| Standard Error | ±0.05277 | ±0 | ±0 | ±0 | ±0 | ±0 | ±0 | ±0 | ±0 | ±0 | |||||||
| Standard Error | 0.05276926620663719 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| control | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | |||||||
| WT | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| * | |||||||||||||||||
| n | 6 | 6 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| mean | 9.115 | 20.725 | 34.635 | 34.352 | |||||||||||||
| standard error | 0.197 | 0.325 | 0.365 | 0.419 | |||||||||||||
| CV [ % ] | 2.161272627537027 | 1.5681544028950543 | 1.053847264327992 | 1.2197251979506287 | |||||||||||||
| sample(s) | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | |||||||
| Condition I | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| C12#1.2 | |||||||||||||||||
| n | 6 | 6 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| mean | 7.917 | 20.087 | 26.905 | 27.353 | |||||||||||||
| standard error | 0.275 | 0.149 | 0.086 | 0.125 | |||||||||||||
| CV [ % ] | 3.4735379562965774 | 0.7417732862050083 | 0.31964318899832744 | 0.45698826454136654 | |||||||||||||
| E(target)^CP | 2.3630946967341626 | 1.5312358274164033 | 443.5344142147964 | 300.88806790869586 | |||||||||||||
| 1.242280081131318 | 0.8049714514373614 | 233.16626660656976 | 158.1770099732527 | ||||||||||||||
| sample(s) | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | |||||||
| Condition II | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| C123#1.1 | |||||||||||||||||
| n | 6 | 6 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| mean | 8.662 | 19.217 | 27.277 | 27.533 | |||||||||||||
| standard error | 0.263 | 0.193 | 0.197 | 0.1 | |||||||||||||
| CV [ % ] | 3.0362502886169476 | 1.0043190924702088 | 0.722220185504271 | 0.3632005230087531 | |||||||||||||
| E(target)^CP | 1.384281768315324 | 2.7376138788138658 | 330.78521172164193 | 259.8157333274602 | |||||||||||||
| 0.7110925891813757 | 1.406286628793615 | 169.92126751211512 | 133.46491064946025 | ||||||||||||||
| sample(s) | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | |||||||
| Condition III | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| n | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| mean | |||||||||||||||||
| standard error | |||||||||||||||||
| CV [ % ] | |||||||||||||||||
| E(target)^CP | |||||||||||||||||
| sample(s) | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | |||||||
| Condition IV | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| n | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| mean | |||||||||||||||||
| standard error | |||||||||||||||||
| CV [ % ] | |||||||||||||||||
| E(target)^CP | |||||||||||||||||
| sample(s) | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | |||||||
| Condition V | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| n | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| mean | |||||||||||||||||
| standard error | |||||||||||||||||
| CV [ % ] | |||||||||||||||||
| E(target)^CP | |||||||||||||||||
| sample(s) | [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | |||||||
| Condition VI | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| n | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||||||
| mean | |||||||||||||||||
| standard error | |||||||||||||||||
| CV [ % ] | |||||||||||||||||
| E(target)^CP | |||||||||||||||||
| true | true | false | false | false | false | false | false | false | false | ||||||||
| Condition 1 | 2.3630946967341626 | 1.5312358274164033 | |||||||||||||||
| Condition 2 | 1.384281768315324 | 2.7376138788138658 | |||||||||||||||
| Condition 3 | |||||||||||||||||
| Condition 4 | |||||||||||||||||
| Condition 5 | |||||||||||||||||
| Condition 6 | |||||||||||||||||
| Condition I | Condition II | Condition III | Condition IV | Condition V | Condition VI | ||||||||||||
| C12#1.2 | C123#1.1 | ||||||||||||||||
| Normalization Factor ** | 1.9022237679140301 | 1.946696941264621 | |||||||||||||||
| [ reference gene ] | [ reference gene] | [target gene 2] | [target gene 3] | [target gene 4] | [target gene 5] | [target gene 6] | [target gene 7] | [target gene 8] | [target gene 9] | ||||||||
| Condition I | TUB | L18 | AtrD11 | HarFar | |||||||||||||
| C12#1.2 | Exression ratio(s): | *** | UP | UP | |||||||||||||
| Target gene is UP-regulated by the factor: | 233.16626660656976 | 158.1770099732527 | |||||||||||||||
| Target gene is DOWN-regulated by the factor: | |||||||||||||||||
| Absolute gene regulation: | 233.16626660656976 | 158.1770099732527 | |||||||||||||||
| Standard Error: | ±89.49979 | ±68.40536 | |||||||||||||||
| 233.16626660656976 | 158.1770099732527 | ||||||||||||||||
| 2 log (directional): | 7.865215271110303 | 7.305396118233902 | |||||||||||||||
| 2 log (standard error): | ±3.01903 | ±3.1593 | |||||||||||||||
| 89.49979 | 68.40536 |
A
B
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| Graphical data output | Log Ratio | Condition I | Condition II | Condition III | Condition IV | Condition V | Condition VI | |||||||||||||||||||||||||
| C12#1.2 | C123#1.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Publications | Nucleic Acids Research 2001 Vol.29 (9) e45 | Nucleic Acids Research 2002 Vol.29 (9) e36 | L18 | |||||||||||||||||||||||||||||
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| © 2001 - 2004 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| © 2005 - 2006 M.W. Pfaffl & G.W. Horgan & Y.Vainshtein & P.Avery | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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