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| Metadata | Values | ||||||||
| Asset Title | Analysis of E. coli with linear electron transport chain | ||||||||
| Uploader | Katja Bettenbrock | ||||||||
| Uploader SEEK ID | Bettenbrock | ||||||||
| Project | SUMO2 | ||||||||
| ASSAY | https://seek.sysmo-db.org/assays | ||||||||
| Assay SEEK ID | 239 | ||||||||
| Assay Title | Determination of ArcA-phosohorylation state | ||||||||
| Assay_type | Levels of by-products and biomass of mutant strains at different aerobiosis levels | ||||||||
| Technology_type | metabolite concentration | ||||||||
| Description | Expression of glucose-transport systems in MG1655 and isogenic mutant strains in aerobic batch cultures | ||||||||
| Experimentalist | Sonja Steinsiek | ||||||||
| Date | |||||||||
| SOP | https://seek.sysmo-db.org/sops/185 | ||||||||
| Experimental_conditions | |||||||||
| Item | |||||||||
| Compound (if concentration) | |||||||||
| Unit | |||||||||
| Start_value (optional) | |||||||||
| End_value (optional) | |||||||||
| Comments | |||||||||
| Culture Growth | |||||||||
| FACTORS_STUDIED | |||||||||
| Item | ratio | ||||||||
| Compound (if concentration) | ArcA:ArcA-P | ||||||||
| Unit | mmol*g-1*h-1 | ||||||||
| Start_value (optional) | |||||||||
| End_value (optional) | |||||||||
| SD (optional) | |||||||||
| Comments | |||||||||
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| Culture_start_date | ||||||||||
| Sample ID (internal) | Organism | NCBI_ID | Strain | Genotype | Phenotype | organism/cell part | aerobiosis | date | ||
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| so_121029_U5 | E.coli | 511145 | TBE042 | ∆nuoB ∆cyoB ∆appB | whole cell | 80 | 2012-10-29T0:0:0+0000 | |||
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| so_121029_U6 | E.coli | 511145 | TBE042 | ∆nuoB ∆cyoB ∆appB | whole cell | 100 | 2012-10-29T0:0:0+0000 | |||
| so_121126_U6 | E.coli | 511145 | TBE042 | ∆nuoB ∆cyoB ∆appB | whole cell | 150 | 2012-11-26T0:0:0+0000 |
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| ArcA state | phosphorylated | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Values | Average | STDEV | |||||||||||||||||||||||||||||
| Unit | % | relativ unit | |||||||||||||||||||||||||||||
| strain | aerobiosis | ||||||||||||||||||||||||||||||
| TBE029 | 0 | 43.67416666666667 | 11.460433156080928 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE029 | 20 | 45.78555555555556 | 0.3936227748605152 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE029 | 50 | 7.7811111111111115 | 0.9952907633971512 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE029 | 80 | 3.4 | 1.4057066234143984 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE029 | 100 | 3.491666666666667 | 1.437645966824213 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE029 | 150 | 3.8583333333333334 | 2.3216672648958303 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE031 | 0 | 22.229333333333336 | 12.316944832221987 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE031 | 20 | 12.805 | 7.946002255968208 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE031 | 50 | 8.7825 | 6.7734696918689075 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE031 | 80 | 0.7333333333333334 | 1.2701705922171769 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE031 | 100 | 1.0625 | 1.231107225224513 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE031 | 150 | 5.675000000000001 | |||||||||||||||||||||||||||||
| TBE032 | 0 | 28.433333333333334 | 13.295237242461436 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE032 | 20 | 21.939999999999998 | 9.851400915605863 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE032 | 50 | 11.455000000000002 | 0.8320289791961716 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE032 | 80 | 9.333333333333332 | 1.1785113019775788 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE032 | 100 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||
| TBE032 | 150 | 21.235 | |||||||||||||||||||||||||||||
| TBE042 | 0 | 41.891666666666666 | 11.976031850696192 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE042 | 20 | 30.71 | 33.14209483421349 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE042 | 50 | 23.689999999999998 | 23.398163389462862 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE042 | 80 | 5.885 | 0.5868986283848344 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE042 | 100 | 7.768333333333334 | 2.543227389667612 | ||||||||||||||||||||||||||||
| TBE042 | 150 | 6.1 | |||||||||||||||||||||||||||||
| MG1655 | 0 | 40.03333333333334 | 4.802545621276693 | ||||||||||||||||||||||||||||
| MG1655 | 20 | 36.881329292929294 | 4.600171956976266 | ||||||||||||||||||||||||||||
| MG1655 | 50 | 33.22988316544566 | 7.164379108984278 | ||||||||||||||||||||||||||||
| MG1655 | 80 | 25.585842735042736 | 6.100487290556358 | ||||||||||||||||||||||||||||
| MG1655 | 100 | 12.3536 | 14.600456613864283 | ||||||||||||||||||||||||||||
| MG1655 | 150 | 4.1 | |||||||||||||||||||||||||||||
