#!/bin/bash

#written for:
#GNU bash, version 4.4.19(1)-release (x86_64-pc-linux-gnu)
#Copyright (C) 2016 Free Software Foundation, Inc.
#License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>

#This is free software; you are free to change and redistribute it.
#There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.

###############################################################################
######################## Gygli JULI 19 ########################################
###############################################################################
 
###############################################################################
#requirements
###############################################################################

#files needed:
# in folder INPUT  
#	molecule.gro, molecule.itp,  
#	SIMULATIONSTEP.mdp, 
# 	MOLECULE.csv, SIMULATION.csv and SUPERCOMPUTER.csv

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###############################################################################
###############################################################################

echo "This is your workflow asking for some information:" 
echo "Please give your username on this local machine followed by Enter"
read -a username

user=$(eval echo ~$username)
echo "Your user-home is: $user"
read -r -p "Is this correct? [Y/n]" response
 response=${response,,} # tolower
 if [[ $response =~ ^(no|n|No| ) ]] || [[ -z $response ]]; then
    echo "You have indicated that your user-home has NOT been correctly set by the workflow. 
Exiting now. 
Please check the ANALYSIS*.sh script and adjust."
    exit 1
 fi
#user="/home/gug"

Aversion="V1.5"
Sversion="V1.5"

source ./SIMULATION_$Sversion/scripts/SIMULATIONS.functions			
source ./SIMULATION_$Sversion/scripts/declare.variables	



#while getopts ":h" opt; do
#  case $opt in
#    h)
#      echo "Run using ./SIMULATIONS.sh > RUNTIME_S.messages" >&2
#      ;;
#    \?)
#      echo "Invalid option: -$OPTARG use h for help" >&2
#      ;;
#  esac
#done


echo "
###############################################################################
##### ##### #####      You are running my simple workflow     ##### ##### ##### 
###############################################################################"

###############################################################################
###############################################################################
################################ SIMULATIONS ##################################
###############################################################################
###############################################################################

echo "we are here1"
location=$PWD
source $location/SIMULATION_$Sversion/scripts/S_readinputparameters.functions
S_readinputparameters


echo "we are here2"
source $location/SIMULATION_$Sversion/scripts/S_createdirectoriesandfilenames.functions
S_createdirectoriesandfilenames


echo "we are here3"
source $location/SIMULATION_$Sversion/scripts/S_create_PBS_script.functions
S_create_PBS_scripts


echo "we are here4"
source $location/SIMULATION_$Sversion/scripts/S_executeonsupercomputer.functions
S_exectueonsupercomputer


echo "END OF Simulation WORKFLOW, have a nice day

                              ############
                          ####################
                       ###########################
                    ################################# 
                 ######################################
                ##########    #############    ########## 
               ##########      ###########      ###########
              ###########      ###########      ############
             #############    #############    ##############
            ##################################################
           ###################################################
           ###################################################
           ############################################## ####
           ######  #####################################   ###
            #####   ##################################     ###
             ####    ##############################      ####
             #####     #########################         ###
               ####          ###############           ####
                #####                                #####
                 ######                            #####
                   ########                     #######
                      ###########           ########
                         ######################
                              ############
                                    
"
exit 1


