In [1]:
%pylab inline
import tellurium as te

Populating the interactive namespace from numpy and matplotlib
In [2]:
U2020_4 = te.loadAntimonyModel("Models/U2020.4.scaled.txt")
U2019_4 = te.loadAntimonyModel("Models/U2019.4.scaled.txt")
In [3]:
U2020_4_res = U2020_4.simulate(0,24*15,1000)
U2019_4_res = U2019_4.simulate(0,24*15,1000)
In [4]:
plot(U2020_4_res["time"],U2020_4_res["[cL]"], label="U2020.4")
plot(U2019_4_res["time"],U2019_4_res["[cL]"], label="U2019.4")
legend(loc="upper right")
Out[4]:
<matplotlib.legend.Legend at 0x407cf47850>
In [5]:
U2019_4_2 = te.loadAntimonyModel("Models/U2019.4.scaled.txt")

##gl


U2019_4_2.setValue("p1",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("p1"))
U2019_4_2.setValue("p2",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("p2"))
U2019_4_2.setValue("p3",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("p3"))
U2019_4_2.setValue("g3",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g3"))
U2019_4_2.setValue("g9",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g9"))
U2019_4_2.setValue("g10",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g10"))
U2019_4_2.setValue("g12",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g12"))
U2019_4_2.setValue("g5",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g5"))
U2019_4_2.setValue("g6",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g6"))
U2019_4_2.setValue("g16",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g16"))
U2019_4_2.setValue("g15",U2019_4.getValue("gl")*U2019_4.getValue("g15"))
U2019_4_2.setValue("gl",1)


##gp7
U2019_4_2.setValue("g1",U2019_4.getValue("gp7")*U2019_4.getValue("g1"))
U2019_4_2.setValue("p8",U2019_4.getValue("gp7")*U2019_4.getValue("p8"))
U2019_4_2.setValue("g11",U2019_4.getValue("gp7")*U2019_4.getValue("g11"))
U2019_4_2.setValue("p9",U2019_4.getValue("gp7")*U2019_4.getValue("p9"))
U2019_4_2.setValue("g13",U2019_4.getValue("gp7")*U2019_4.getValue("g13"))
U2019_4_2.setValue("p10",U2019_4.getValue("gp7")*U2019_4.getValue("p10"))
U2019_4_2.setValue("p4",U2019_4.getValue("gp7")*U2019_4.getValue("p4"))

U2019_4_2.setValue("gp7",1)


##ge3

U2019_4_2.setValue("g8",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("g8"))
U2019_4_2.setValue("g4",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("g4"))
U2019_4_2.setValue("p5",U2019_4.getValue("p5")/U2019_4.getValue("ge3"))
U2019_4_2.setValue("dZG",U2019_4.getValue("dZG")*U2019_4.getValue("ge3"))
U2019_4_2.setValue("g2",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("g2"))
U2019_4_2.setValue("p23",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("p23"))
U2019_4_2.setValue("p25",U2019_4.getValue("p25")/U2019_4.getValue("ge3"))
U2019_4_2.setValue("p16",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("p16"))
U2019_4_2.setValue("p17",U2019_4.getValue("p17")/U2019_4.getValue("ge3"))
U2019_4_2.setValue("p26",U2019_4.getValue("p26")/U2019_4.getValue("ge3"))
U2019_4_2.setValue("p27",U2019_4.getValue("p27")*U2019_4.getValue("ge3"))
U2019_4_2.setValue("g7",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("g7"))

U2019_4_2.setValue("p14",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("p14"))
U2019_4_2.setValue("p12",U2019_4.getValue("p12")/U2019_4.getValue("ge3"))
U2019_4_2.setValue("g14",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("g14"))
U2019_4_2.setValue("p11",U2019_4.getValue("ge3")*U2019_4.getValue("p11"))
U2019_4_2.setValue("ge3",1)


U2019_4_2_res = U2019_4_2.simulate(0,24*15,1000)
plot(U2019_4_res["time"],U2019_4_res["[cL]"], label="U2019.4")
plot(U2019_4_2_res["time"],U2019_4_2_res["[cL]"], label="U2019.4_scaled")
plot(U2019_4_2_res["time"],U2019_4_2_res["[cLmod]"], label="U2019.4_scaled cLmod")
legend(loc="upper right")
Out[5]:
<matplotlib.legend.Legend at 0x4081c4d250>
In [10]:
Out[10]:
<roadrunner.ExecutableModel() { this = 0x4000ce3ca0 }>
In [11]:
U2019_4_2.exportToSBML("Models/U2019.5.xml")
U2019_4_2.exportToAntimony("Models/U2019.5.txt")
In [12]:
U2020_4_2 = te.loadAntimonyModel("Models/U2020.4.scaled.txt")
U2020_4_2_res = U2020_4_2.simulate(0,24*15,1000)
plot(U2020_4_res["time"],U2020_4_res["[cL]"], label="2020.4")
plot(U2020_4_2_res["time"],U2020_4_2_res["[cL]"], label="U2020.4 scaled")
legend(loc="upper right")
Out[12]:
<matplotlib.legend.Legend at 0x408230d9d0>
In [13]:
U2020_4_2 = te.loadAntimonyModel("Models/U2020.4.scaled.txt")

U2020_4_2.setValue("p1",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("p1"))
U2020_4_2.setValue("p2",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("p2"))
U2020_4_2.setValue("p3",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("p3"))
U2020_4_2.setValue("g3",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g3"))
U2020_4_2.setValue("g6",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g6"))
U2020_4_2.setValue("g16",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g16"))
U2020_4_2.setValue("g15",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g15"))
U2020_4_2.setValue("g2t",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g2t"))
U2020_4_2.setValue("g5t",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g5t"))
U2020_4_2.setValue("g9t",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g9t"))
U2020_4_2.setValue("g13t",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g13t"))

U2020_4_2.setValue("g1t",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g1t"))
U2020_4_2.setValue("g8t",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g8t"))
U2020_4_2.setValue("g12t",U2020_4.getValue("gl")*U2020_4.getValue("g12t"))

U2020_4_2.setValue("gl",1)

U2020_4_2.setValue("g1",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("g1"))
U2020_4_2.setValue("g4t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("g4t"))
U2020_4_2.setValue("p1t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("p1t"))
U2020_4_2.setValue("g7t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("g7t"))
U2020_4_2.setValue("p2t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("p2t"))
U2020_4_2.setValue("g11t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("g11t"))
U2020_4_2.setValue("p3t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("p3t"))
U2020_4_2.setValue("g15t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("g15t"))
U2020_4_2.setValue("p4t",U2020_4.getValue("gp7")*U2020_4.getValue("p4t"))

U2020_4_2.setValue("gp7",1)

U2020_4_2.setValue("g2",U2020_4.getValue("g2")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p23",U2020_4.getValue("p23")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p25",U2020_4.getValue("p25")/U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p16",U2020_4.getValue("p16")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p17",U2020_4.getValue("p17")/U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p27",U2020_4.getValue("p27")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p26",U2020_4.getValue("p26")/U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("g7",U2020_4.getValue("g7")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p14",U2020_4.getValue("p14")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p12",U2020_4.getValue("p12")/U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("g14",U2020_4.getValue("g14")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p11",U2020_4.getValue("p11")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("g3t",U2020_4.getValue("g3t")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("g6t",U2020_4.getValue("g6t")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("g10t",U2020_4.getValue("g10t")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("g14t",U2020_4.getValue("g14t")*U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("p5t",U2020_4.getValue("p5t")/U2020_4.getValue("ge3"))
U2020_4_2.setValue("dZG",U2020_4.getValue("dZG")*U2020_4.getValue("ge3"))

U2020_4_2.setValue("ge3",1)


U2020_4_2_res = U2020_4_2.simulate(0,24*15,1000)
plot(U2020_4_2_res["time"],U2020_4_2_res["[cL]"], label="U2019.4")
plot(U2020_4_res["time"],U2020_4_res["[cL]"], label="U2019.4")
Out[13]:
[<matplotlib.lines.Line2D at 0x407c85a790>]
In [16]:
U2020_4_2.exportToAntimony("Models/U2020.5.txt")
U2020_4_2.exportToSBML("Models/U2020.5.txt")
In [ ]: